São Rafael tem o clima quente e semiárido, com estação chuvosa atrasando-se para o outono. O município encontra-se totalmente inserido nos domínios da bacia hidrográfica Piranhas-Açu, sendo banhada pelas sub-bacias dos rios Piranhas, Pindoba e da Serra Branca. Os principais tributários são os riachos das Carnaúbas, Cavalo Bravo, do Mineiro, Serra Branca e do Jatobá. Um dos pontos turísticos da cidade é a casa do Barão de Serra Branca, que hoje é tombada pelo órgão Fundação José Augusto, como monumento histórico-cultural. Outro local para se conhecer é a Igreja Matriz de Nossa Senhora da Conceição, que é uma réplica da antiga igreja que está submersa nas águas da Barragem Armando Ribeiro Gonçalves. O período em que a cidade recebe grande número de fiéis e visitante é durante as festividades alusivas a padroeira da cidade, que tem seu inicio no último fim de semana de novembro e seu encerramento no dia 08 de dezembro.